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单分子测序技术研究高粱转录本


研究背景


      

       mRNA前体的可变剪切和可变多腺苷酸化极大的影响了转录本的多样性,编码能力,影响了基因组和基因的调控机制。二代测序广泛用于转录组分析。然而短序列reads的主要缺点是不能准确的预测全长可变剪切。本研究通过Pacific Biosciences单分子实时测序技术检测了高粱转录本,并且开发了一个流程TAPIS(转录本异构体分析流程)用来鉴定全长剪切异构体和可变多腺苷酸化位点。



研究方法






研究结果



1 异构体测序分析流程






2 a:可变剪切数量;b:基因产生异构体的数量;c:一个基因产生13个新的剪切异构体。





3 PCR验证lso-seq鉴定得到的剪切异构体。





4 可变多腺苷酸分析。a:poly(A) 位点分布数量;b:3'UTR具有多腺苷酸化位点的转录本;c:PCR多腺苷酸化位点验证。





研究结论


       我们的分析展示了转录组层面的全长异构体,并得到了多达11000个新的剪切体。而且我们得到了11000个表达基因的可变多腺苷酸化位点和超过2100个新基因。这些结果极大的改善了高粱基因注释并且对基因调控进行了补充。转录本剪切体分析流程对于各种777全讯白菜网 - 2022年白菜网址大全 Iso-Seq数据分析是一个有用的工具。



参考文献



A survey of the sorghum transcriptome using single-molecule long reads. [Nature Communications, 2016]



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