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案例1 长链非编码RNA和增强子RNAs调控人单核细胞脂多糖诱导的炎症反应


研究背景



    非编码RNA是一类新的调控777全讯白菜网 - 2022年白菜网址大全 学过程的分子,其在人的免疫反应中的作用还不太清楚。因此,本研究对人单核细胞使用RNA测序技术进行非编码RNA测序。



研究方法






研究结果



1 lncRNA鉴定。a:lncRNAs鉴定流程图;c:单核细胞、Gencode v13及HumanBodyMap中lncRNAs分布;d:lncRNAs差异表达火山图;e:鉴定lncRNAs在基因上的位置分布。






2 编码蛋白鉴定。a:火山图展示LPS刺激的单核细胞与未刺激的单核细胞的差异;b:RNA-seq与芯片分析结果的相关性;c:差异结果的KEGG富集分析。





研究结论



       本研究共得到了76个 enhancer RNAs,40个canonical lncRNAs,65 antisense lncRNAs,35 个 bidirectional 转录本在响应细菌脂多糖时发生了显著差异变化。当下调eRNAs (IL1b-eRNA)、RBT (IL1b-RBT46)时,减少了mRNA的产生,削弱了促炎症反应介导因子IL1b和CXCL8的释放。并预测lncRNAs在人的先天性免疫反应中是一个重要的调控因子。




案例2 健康人群中lncRNA比蛋白编码基因表现出更高的表达量变异



研究背景



       lncRNA逐渐被认为与基因调控密切相关,并且可能会比蛋白编码基因的数量多。虽然,已经报道了大量的lncRNAs,但由于其具有较强的组织特异性和表达量较低的特性,其注释一直不太完善。同时,个体表达量的变异也是一个重要的因素。本研究探讨了lncRNA在人原发粒细胞中表达的变异性。



研究方法






研究结果



lncRNA个体间表达差异聚类热图。







研究结论


    需要更全面的对这些低表达和高组织特异性的lncRNA进行注释。同时,当我们对人类的lncRNA进行深入的注释或者将其用于预后或疾病的标志物时,也要考虑到个体之间lncRNA表达的差异。



参考文献


1、Long non-coding RNAs and enhancer RNAs regulate the lipopolysaccharide-induced inflammatory response in human monocytes. [nature communications, 2014]
 2、Long non-coding RNAs display higher natural expression variation than protein-coding genes in healthy humans. [Genome Biology, 2014]



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